内设机构职能
一、办公室
职能：负责中心内外综合协调工作；负责中心政务、档案、信息、保密、信访、绩效考核、督查督办、重要接待、对外宣传、武引水利文化创建和研究工作。
二、人事科
职能：负责中心组织机构、岗位设置、薪酬制度建设；负责中心干部人事、岗位聘用、职称申报、劳动工资、福利保险、职工教育和人事档案等管理工作；负责中心离退休人员日常管理、贯彻落实离退休人员政治、生活待遇；组织开展离退休人员活动、走访慰问等工作，做好相关服务。
三、财务与资产管理科
职能：贯彻执行国家、省、厅的各项财经法规政策，制定和执行中心的财务规则制度；负责中心财务收支与国有资产监督管理，编制中心部门预决算和政府会计报告；组织实施批准的部门预算；组织建立中心会计核算体系，依法设置会计账簿、进行会计核算、实行会计监督、开展绩效评价和内控建设管理；办理中心资产配置、使用、处置等事项报批手续；按程序开展中心及中心所属企业国有资产登记管理、产权系统管理；负责资金筹措和组织收入；负责对接外部审计工作。
四、党群工作科
职能：负责宣传党的路线、方针、政策；负责党建、精神文明建设和意识形态工作，并指导中心各党支部开展工作；负责协调推进党委决策部署的贯彻落实；负责工会、共青团、妇联、群众团体、统战工作。
五、安全监督科
职能：负责安全生产目标、制度、安全教育培训、现场、安全风险管控及隐患排查治理、应急、事故处理、持续改进等管理工作；监督各部门的安全生产工作；负责社会治安综合治理工作。
六、纪检与内审科
职能：负责中心党风廉政建设监督责任、教育等相关工作；承办上级纪检部门交办的信访调查及自办案件的查处；负责中心纪律检查和内部审计工作。
七、工程规划运行科
职能：负责编制灌区水利发展中长期规划；开展灌区规划编制、重点水利工程项目可研、初设、建设管理等工作；拟定灌区重点水利工程建设资金建议计划及上报工作；开展灌区新建、改建、扩建等各类水利工程建设项目合规性初审及上报工作；指导灌区水利建设项目评估等工作；负责灌区工程运行管理、日常维护、水毁修复等相关工作；建立健全工程运行管理各项制度、规程，实行标准化、规范化管理；组织编制完善工程度汛方案和应急抢险预案，负责工程水旱灾害预防和治理工作；初审涉水工程建设方案；负责相应项目资金对上争取。
八、供水管理调度科
职能：负责编制年度供水计划；负责灌区供( 用) 水管理；根据水利厅批复的供水计划和调度指令，负责管理范围内水资源调度和水量统计工作；负责灌区农业供水水费计核和催收；负责管理范围内防汛抗旱工作；负责灌区内节水和灌溉试验等工作；开展灌区水文和灌溉水利用系数测算工作；负责相应项目资金对上争取。
九、科学技术与信息化科
职能：负责水量调度信息化等工作；负责灌区水利信息化项目申报、建设工作；负责水利信息化相关软硬件、网络、网站的建设管理和运维工作，确保信息安全符合规范；负责制定水利信息化相关制度和人员培训工作；组织水利科技项目研究，新技术引进、推广和管理工作；做好水利学会工作，抓好学术交流和科普活动；负责相应项目资金对上争取。
十、综合经营科
职能：负责拟定中心综合经营发展规划；负责组织年度综合经营目标计划的实施和考核；负责灌区供水成本测算和水价调整申报；负责灌区供水结构优化工作；负责非农用水水费计核和催收；负责中心所属电站及其他经营实体的具体管理；负责水利风景区的项目包装、建设开发、经营管理工作；负责相应项目资金对上争取。
十一、水利保护与河湖事务科
负责中心法律事务；负责法律法规的贯彻实施和普法工作；负责工程保护范围的确权划界和维权工作；负责灌区水资源取水许可管理；负责水资源、水生态、水环境的保护；负责维护灌区水事秩序和配合水政执法；负责开展管护区河湖长制管理工作；负责相应 项目资金对上争取。
基层水利管理站设置
设置基层水利管理站１２个，负责管辖范围内的工程运维、服从水调、确权维权、水资源保护、水事秩序维护、水费计核和催收、防汛抗旱、应急抢险、安全维稳、综合经营等具体工作的实施。
一、武都水库响岩管理站
负责武都水库平武境内库区库岸管理。
二、武都枢纽管理站
负责武都水库江油境内库区库岸管理；负责武都水库大坝及坝区，左、右支渠取水口管理；负责取水枢纽拦河闸及附属建筑物管理。
三、总干渠管理站
负责总干渠 ０＋０００ 至陶家垭节制闸(含) 和红岩分干渠分水闸(含)段管理。
四、红岩分干渠管理站
负责红岩分干渠分水闸 ７＋１５０ 至红岩分干渠末段 ５８＋９１０ 管理。
五、涪梓干渠管理站
负责总干渠陶家垭节制闸至总干渠末段 ３７＋５６０管理；负责涪梓干渠０＋０００至涪梓干渠红关梁隧洞进口２６＋２９７ 管理；负责西梓干渠 ０＋０００ 至西梓干渠龙头山隧洞出口与龙泉寺隧洞进口间(西梓干渠向红岩分干渠补水处)７＋５００ 管理；负责红岩分干渠 ０＋０００至红岩分干渠 ７＋１５０ 管理。
六、沉抗水库管理站
负责沉抗水库大坝及坝区、库区及库岸管理；负责涪梓干渠红关梁隧洞进口 ２６＋２９７ 至涪梓干渠末段 ６３＋９００管理。
七、高复分干渠管理站
负责高复分干渠 ０＋０００ 至高复分干渠末段 ５４＋６４０ 管理。
八、西梓干渠梓潼管理站
负责西梓干渠龙头山隧洞出口与龙泉寺隧洞进口间(西梓干渠向红岩分干渠补水处)７＋５００ 至青子山隧洞出口(凤后 ３７＋５００)管理。
九、 西梓干渠盐亭管理站
负责西梓干渠青子山隧洞出口(凤后 ３７＋５００) 至光中分水闸(含)和光中节制闸(含金口垭隧洞)管理；负责水长坪隧洞入口至金峰水库金龙分干渠取水闸前(金后 ３０＋７７０)管理。
十、金峰水库管理站
负责金峰水库大坝及坝区、库区及库岸及出取水口闸门管理。
十一、金龙分干渠管理站
负责金龙分干渠共２１.３公里管理；负责西梓干渠延长段共２７.７５公里管理。
十二、石龙嘴管理站
负责总干渠东塔坡隧洞出口(８ ＋２６６、 ５２) 至石龙嘴渡槽入口(８＋５３０、 ０１)段及元宝山、黎垭、观太三处电源保障点的管理。 负责该段前池、溢流重力坝、冲沙放空道、进水室、压力管道、防洪渠、公路桥等水工建筑物管理；负责该段机电设备、变送点设施的运行、巡视检查、维护、保养及日常维修。